In januari 2009 heeft Stadsdeel Centrum een belangrijke stap gezet op weg naar het afgeven van een bouwvergunning voor de nieuwe Universiteitsbibliotheek op het Binnengasthuisterrein. Het stadsdeel verleende de Universiteit van Amsterdam een ‘monumentenvergunning'. Dit houdt in dat het feit dat twee rijksmonumenten op het terrein (deels) afgebroken moeten worden geen beletsel zal vormen voor de beoordeling van de bouwaanvraag voor de nieuwe UB.

In september 2001 stemde de gemeenteraad in met de uitgangspunten voor de ontwikkeling van het Binnengasthuisterrein. De plannen van de UvA doen volgens de gemeenteraad recht aan de wens van de UvA om een adequaat universiteitscomplex te realiseren, maar biedt ook kans om nieuwe ruimtelijke en functionele kwaliteiten toe te voegen aan dit deel van de binnenstad.

Op 25 maart 2008 besloot het dagelijks bestuur van stadsdeel Centrum in principe in te stemmen met de plannen van de UvA voor de nieuwe UB. In juni 2008 diende de UvA de definitieve bouwaanvraag in. In september 2008 adviseerde de Rijksdienst voor Archeologie, Cultuur en Monumenten vanuit het oogpunt van monumentenzorg de twee monumenten op het Binnengasthuis niet te doen verdwijnen. Op 16 december 2008 herbevestigde het dagelijks bestuur van het stadsdeel het besluit van 25 maart. Het dagelijks bestuur heeft een afweging gemaakt tussen het belang  van de universiteitsbibliotheek voor de UvA en de stad Amsterdam enerzijds en het belang van het behoud van de monumenten anderzijds. Die afweging valt uit in het voordeel van de bouwplannen.

Voordat de UvA definitief toestemming krijgt voor de bouw van de nieuwe UB moeten nog enkele stappen worden gezet in de procedure.