(English below)

Op deze foto bekijk ik komkommerplanten die zijn geïnfecteerd met de pathogene schimmel Fusarium oxysporum. Sporen van deze schimmel komen veelvuldig voor in de grond en zijn in staat een brede range aan gastplanten te infecteren, waarna verwelkings- en verrottingsverschijnselen optreden.

Er wordt al jaren onderzoek gedaan naar Fusarium in ons lab, voornamelijk in combinatie met tomaat. Ik probeer in mijn project juist in de breedte te werken; door gebruik te maken van comparative genomics probeer ik genen te identificeren bij verschillende Fusarium-stammen (formae speciales) die betrokken zijn bij het infecteren van de plant. Door vervolgens deze mogelijke aanvalsgenen uit te schakelen, onderzoek ik in mijn PhD hoe deze schimmel o.a. komkommer, meloen, watermeloen, tabak, Arabidopsis en tomaat ziek maakt. Het feit dat F. oxysporum beschikt over een mobiel chromosoom met daarop een pakket van virulentiegenen geeft een extra dimensie aan mijn onderzoek, waarbij de evolutionaire geschiedenis centraal staat.

Als je interesse hebt om een bachelor- of masterstage te lopen bij de afdeling moleculaire plantpathologie, neem dan contact met me op, of kom langs! Tijdens een stage zul je in aanraking komen met de volgende materialen en methoden: (q)PCR, RNA, Fusarium oxysporum, bioassays in de kassen, Escherichia coli, Agrobacterium tumefaciens. Een deel van mijn onderzoek wordt ook uitgevoerd door middel van bioinformatica. 

-

In this picture, I am assessing infected cucumber plants that are suffering from Fusarium wilt caused by the pathogenic fungus Fusarium oxysporum. Spores of this fungus can be found in large quantities in soils around the world, and as a species complex, F. oxysporum is able to infect a vast range of plants (and sometimes even animals!)

In our lab, we have a long history of research on Fusarium pathogenicity, mostly concentrated on its interaction with tomato plants. In my own research, I'm trying to look at genes necessary for infection of different host plants: cucumber, melon, watermelon, tobacco and Arabidopsis. By making use of comparative genomics, I try to identify 'virulence'-genes in these different fungal strains. By subsequently disrupting these genes, we try to gain insight into the way infection is established in different plants. The fact that Fusarium possesses a mobile 'pathogenicity' chromosome that can be transferred between strains, gives the project an exciting extra dimension.

If you are interested in conducting an internship in our molecular plant pathology group, please don't hesistate to contact me, or come by! During an internship, you'll get in contact with the following materials and methods: (q)PCR, RNA, genetically modified Fusarium oxysporum, bioassays in the UvA greenhouse complex, Escherichia coli, Agrobacterium tumefaciens. Part of my research is also being executed by bioinformatics (RNA and genome stuff on CLC workbench, scripting in BioPython).

• Geen nevenwerkzaamheden