Mark van Berge Henegouwen richt zich op laparoscopische en gastro-intestinale chirurgie, in het bijzonder de behandeling van slokdarm- en maagcarcinoom. Daarnaast richt hij zich op het verbeteren van de chirurgische zorg, behandeling van postoperatieve complicaties en nieuwe minimaal invasieve chirurgische technieken (kijkoperaties). Van Berge Henegouwen heeft diverse projecten geïnitieerd die de kwaliteit van zorg en de postoperatieve kwaliteit van leven bij patiënten met slokdarm- en maagcarcinoom onderzoeken.

Het onderwijsprogramma van Van Berge Henegouwen varieert van het bijbrengen van basale kennis aan studenten, coassistenten, verpleegkundigen en jonge chirurgen maar tot het trainen van chirurgische procedures aan jonge chirurgen en specialisten. Daarnaast geeft hij training in technisch-chirurgische vaardigheden aan slokdarm- en maagchirurgen, in het bijzonder op het gebied van minimaal invasieve technieken.

Als hoogleraar gaat hij zich richten op kwaliteitverhogende projecten voor procedures van patiënten met een slokdarm- of maagcarcinoom. Tevens richt zijn onderzoek zich op het effect van multimodale behandeling (combinatie van operatie en voorbehandeling met radiotherapie en chemotherapie) en kwaliteit van leven in deze patiëntengroep.

Van Berge Henegouwen is gastro-intestinaal en oncologisch chirurg bij het AMC. Hij is tevens staflid en hoofd van het gastro-intestinaal chirurgisch programma verantwoordelijk voor slokdarm- en maagchirurgie, het grootste centrum voor slokdarm- en maagoperaties in Nederland. Van Berge Henegouwen is voorzitter van de wetenschappelijke commissie van de Dutch Upper GI Cancer Audit en oud-voorzitter van de Nederlandse Vereniging voor Gastrointestinale Chirurgie.