ing. R. (Richard) de Boer
-
Faculty of Science
SILS
-
POSTBUS
94232
1090 GE Amsterdam
Room number: C3.269
-
R.deBoer@uva.nl
General information
I am a PhD student in the group 'Molecular Biology and
Microbial Food Safety' headed by Prof Stanley Brul at the
Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS) at the University
of Amsterdam (UvA). I work under supervision of Dr. Hans van
der Spek on the project:
C. elegans as a model system to study (anti-retroviral) drug
induced mitochondrial dysfunction.
For a general description of the group, please refer to:
C. elegans as a model system to study (anti-retroviral) drug induced mitochondrial dysfunction.
For a brief introduction into my project please refer to:
Student project
Within our 'mitochondrial (dys)function' group (staff, PhD
student and a technician) there are possibilities for
Bachelor-, Master- and HBO students to perform a research
project.
For more information contact:
Deze pagina in het nederlands?
Microscopic Opera
Komende donderdag, 16 juni, wordt in Naturalis als onderdeel
van de LiveScience de Designers en Artists 4 Genomics
tentoonstelling geopend. In deze tentoonstelling is een
kunstwerk van Matthijs Munnik te zien, dat hij in samenwerking
met Richard de Boer (onderzoeker UvA/FNWI) en het Netherlands
Consortium for Systems Biology (NCSB) heeft ontwikkeld.
Matthijs Munnik wilde een installatie bouwen waarbij beweging
in de microscopische wereld wordt omgezet in geluid. Nadat hij
verschillende organismen had getest voor dit project heeft
Richard de Boer hem Caenorhabditis elegans laten zien.
Hij heeft uiteindelijk een audiovisuele installatie gebouwd,
waarin verschillende mutanten van C. elegans
verschillende elegante en minder elegante geluiden en beelden
voortbrengen als ware het een opera.
Matthijs Munnik is één van de drie kunstenaars die de
Designers & Artists 4 Genomics Award hebben gewonnen met
hun ontwerp, waarin kunst, design en life sciences samenkomen.
De winnende kunstprojecten zijn het resultaat van een unieke
samenwerking tussen ontwerpers en onderzoekers in hun genomics
laboratorium. De tentoonstelling Designers & Artists 4
Genomics maakt deel uit van LiveScience, maar staat op de 5e
verdieping in de zaal Onderzoek in Uitvoering. Designers &
Artists 4 Genomics is een initiatief van het Netherlands
Genomics Initiative en de Waag Society, mede mogelijk gemaakt
door het Centre for Society and Genomics en gepresenteerd door
museum Naturalis.
photo: Jan Sprij
My Project
Introduction
Mitochondrial dysfunction is the underlying cause of a wide
range of human diseases. In recent years it has become
increasingly clear that mitochondrial dysfunction can also be a
direct consequence of adverse effects of therapeutic drugs. The
best studied example comprises the antiviral drugs used to
treat HIV-1 infection, which have been shown to inhibit the
mitochondrial DNA polymerase and deplete cells of mitochondrial
DNA (mtDNA), thus initiating adverse effects. Many studies have
addressed mitochondrial toxicity as a cause of these side
effects, but the exact mechanism by which it is caused remains
unknown. In my project, Caenorhabditis elegans is used as a
model organism to study these side effects. T he project aims
at (i) dissecting the molecular mechanism underlying
drug-induced mitochondrial dysfunction, (ii) identifying
markers which can predict the onset of mitochondrial
dysfunction at an early stage and (iii) identify compounds that
can alleviate mitochondrial dysfunction.
Results
Several assays have been set up to be able to study the effect(s) of a number of anti-retroviral drugs on different aspects of mitochondrial function, in the nematode C. elegans. Using quantitative PCR, w e have been able to show that there is a decline in mtDNA copies in C. elegans when they are cultured in the presence of some anti-retroviral drugs, in a concentration-dependent manner. Using fluorescence microscopy, we have been able to show that there is a disruption in the mitochondrial network, when worms are cultured in the presence of anti-retroviral drugs. Respiratory chain function has been studied by quinon analysis. Finally, early results indicate that treatment of worms with antiretroviral drugs can result in a decreased lifespan. Interestingly, the observed effects are not necessarily coupled (for instance mtDNA depletion does not have to correlate with changed mitochondrial morphology and vice versa).
Conclusions
In C. elegans anti-retroviral drug treatment
results in mitochondrial dysfunction, indicated by
• mtDNA depletion
• aberrant mitochondrial morphology
• decreased lifespan
• a shift in the ratio of reduced:oxidized
ubiquinon
Several of the observed effects are similar to the effects
observed in patients on anti-retroviral therapy, indicating
that C. elegans is a suitable model organism to study
drug induced mitochondrial dysfunction.
Follow the links below to see posters as they were presented
on different occasions:
Deze pagina in het nederlands
Algemene informatie
Ik ben PhD student in de groep: 'Moleculaire biologie en
Microbiële voedselveiligheid'. Deze groep wordt geleid door
Prof. Dr. Stanley Brul en is onderdeel van het Swammerdam
Instituut voor Levenswetenschappen (SILS) aan de Universiteit
van Amsterdam (UvA). Mijn begeleider is Dr. Hans van der Spek
en ik werk aan het volgende project:
C. elegans as a model system to study (anti-retroviral) drug
induced mitochondrial dysfunction.
Dit houdt in dat we Caenorhabditis elegans gebruiken om de
bijwerkingen van (anti-retrovirale) middelen (AIDS medicijnen)
te bestuderen.
Voor algemene informatie over de onderzoeksgroep kan je een
kijkje nemen op de website:
Mijn Project
C. elegans as a model system to study (anti-retroviral) drug
induced mitochondrial dysfunction.
Voor een korte introductie in mijn project:
Studentenproject (Stage)
Binnen onze groep: 'mitochondriale dysfunctie' zijn er mogelijkheden voor bachelor-, master- of HBO studenten om een stage te doen. Voor meer informatie kan je contact opnemen met Dr. Hans van der Spek
C. elegans as a model system to study (anti-retroviral) drug induced mitochondrial dysfunction.
Introductie
Mitochondriale dysfunctie is een oorzaak van een brede groep
van menselijke ziektes. De laatste paar jaar is het duidelijk
geworden dat het ook een gevolg kan zijn van bijwerkingen van
medicijnen. De best bestudeerde voorbeelden omvatten de
antivirale middelen om HIV-1 infecties mee te bestrijden. Van
deze drugs is gebleken dat zij ook het mitochondriale DNA
polymerase gamma remmen en op die manier de hoeveelheid
mitochondriaal DNA (mtDNA) verlagen. Er zijn vele studies
gedaan naar de toxische effecten van deze drugs op
mitochondriën maar de exacte mechanismen achter deze toxiciteit
zijn nog niet bekend. In mijn project gebruiken we
Caenorhabditis elegans als model organisme om deze toxische
effecten te bestuderen.
De doelen van het project zijn: (i) onderzoeken welk
moleculair mechanisme deonderliggende oorzaak is van de
bijwerkingen van de drugs. (ii) Markers identificeren die al
vroeg aangeven wanneer de bijwerkingen gaan optreden. (iii)
Stoffen identificeren die de mitochondriale functie
verbeteren.
Resultaten
Verschillende essays zijn opgezet waarmee de effecten van
verschillende drugs op verscheidene aspecten van de
mitochondriale functie bestudeerd kunnen worden in C.
elegans .
Met behulp van een kwantitatieve PCR hebben we aangetoond dat
er een afname is in de hoeveelheid mtDNA in de worm, wanneer
deze gekweekt worden in aanwezigheid van bepaalde
anti-retrovirale middelen. Deze afname is concentratie
afhankelijk.
Met behulp van fluorescentie microscopie hebben we aangetoond
dat het mitochondriale netwerk in de cellen wordt verstoord
wanneer wormen gekweekt worden in aanwezigheid van bepaalde
drugs.
De functie van de ademhalingsketen is bestudeerd door naar de
quinonen te kijken.
Tenslotte is gebleken dat de levensduur van de wormen
achteruit gaat wanneer deze gekweekt worden in aanwezigheid van
anti-retrovirale middelen. Wat interessant is, is dat deze
effecten niet noodzakelijkerwijs gekoppeld zijn. Een afname in
mtDNA hoeft niet automatisch te betekenen dat de morfologie van
de mitochondriën veranderd.
Conclusies
Antiretrovirale middelen resulteren in C. elegans
in mitochondriale dysfunctie. De gemeten effecten zijn:
• Afname inmtDNA
• afwijkende mitochondriale morfologie
• afname van levensduur
• een verandering in de ratio tussen geoxideerde en
gereduceerde quinonen
Een aantal van de geobserveerde effecten zijn vergelijkbaar
met effecten die ook in behandelde patiënten gezien worden. Dit
geeft aan dat C. elegans een goed model organisme is
om drug geïnduceerde mitochondriale dysfunctie te bestuderen.
Via onderstaande links kan je de posters bekijken die op
verschillende gelegenheden zijn gepresenteerd
- No ancillary activities
- No ancillary activities