De Jong is sinds december 2014 hoofd van de IHEF-divisie van het instituut en daarmee lid van het directieteam. Als IoP-directeur volgt hij Daniel Bonn op, die deze rol sinds oktober 2012 vervulde. Bonn blijft in het directieteam aan als hoofd van de WZI-divisie; de leiding over de ITFA-divisie blijft in handen van Jan de Boer.

Paul de Jong is sinds 2009 aan de UvA verbonden, aanvankelijk als bijzonder hoogleraar met een hoofdaanstelling bij het nationaal instituut voor subatomaire fysica Nikhef en sinds 2012 als gewoon hoogleraar. Hij is als onderzoeker verbonden bij het ATLAS-experiment bij de Large Hadron Collider van het CERN, dat in 2012 een sleutelrol vervulde bij de ontdekking van het Higgs-boson. Binnen de UvA is hij tevens betrokken bij het UvA-zwaartepunt GRAPPA.