Teije van der Bij richt zich op de inclusie van leerlingen in het regulier voortgezet onderwijs, in het bijzonder op leerlingen met speciale onderwijsbehoeften. Zijn onderzoek richt zich met name op de mogelijke bijdrage van zelfevaluatie aan de ontwikkeling van inclusief onderwijs, de kenmerken om het onderwijs inclusief te maken, het herkennen van inclusief onderwijs door ouders en leerlingen en de effecten van inclusief onderwijs op de schoolloopbanen van leerlingen.