Hein Vermeulen houdt zich  in zijn onderzoek bezig met de invloed van het EU-recht en het internationale recht op nationale fiscale regimes voor collectieve (vastgoed)beleggingsinstellingen. Daarnaast richt hij zich op de mogelijke vormgeving van Europese harmonisatie van die nationale fiscale regimes. Vermeulens onderzoek is ingebed in het onderzoeksprogramma van het Amsterdam Centre for Tax Law (ACTL), één van de centres of excellence van de Faculteit der Rechtsgeleerdheid van de UvA. Het doel van dit onderzoeksprogramma is om vast te stellen welke beperkingen aan de nationale belastingsoevereiniteit gesteld worden door internationaal en supranationaal recht. Daarbij wordt ook gekeken of deze grenzen enger of ruimer moeten worden gesteld op grond van verschillende criteria, waaronder de EU-verkeersvrijheden en interjurisdictionele gelijkheid.

De nieuwe leerstoel waarop Vermeulen benoemd is,  bevordert de multidisciplinaire samenwerking tussen het ACTL en de aan de UvA gelieerde ASRE,  die gericht is op het bundelen van vastgoedonderzoek in Nederland.

Vermeulen was sinds 2007 werkzaam als universitair docent Belastingrecht aan de UvA. Hij is voorzitter van de Opleidingscommissie Fiscaal recht van de Faculteit der Rechtsgeleerdheid. Daarnaast werkt hij bij PricewaterhouseCoopers Belastingadviseurs. Eerder was hij onder meer  advocaat-belastingkundige bij NautaDutilh. Vermeulen is auteur van Fiscale Monografie. Het regime voor de fiscale beleggingsinstelling en co-auteur van Cursus Belastingrecht (van de delen Vennootschapsbelasting en Formeel Belastingrecht). Hij was secretaris van de Commissie Beleggingsinstellingen van de Vereniging voor Belastingwetenschap en daarmee een van de auteurs van het rapport Continuïteit van het Nederlandse fiscale regime voor beleggingsinstellingen door een principiële modernisering. Vermeulen is tevens redacteur bij de vakbladen Vastgoed Fiscaal & Civiel en Fiscale Berichten voor het Notariaat. Ook publiceerde hij tal van artikelen in wetenschappelijke tijdschriften als Bulletin for International Taxation, European Taxation en Nederlands Tijdschrift voor Fiscaal Recht.