Geert van der Heijden doet onderzoek naar de effectiviteit van zorg. In het bijzonder doet hij therapeutische effectstudies, meta-analyses, en diagnostische en prognostische accuratesse-studies. Van der Heijden heeft een sterke belangstelling voor het effectief gebruik van beschikbare kennis. Hij richt zich met name op de versnelling van de toepassing van kennis en de opname van kennis in praktijkrichtlijnen. Bij de invulling van zijn leerstoel legt Van der Heijden dan ook het accent op Epidemiology & Evidence Based Decision Making. Hij verwacht met dit accent een belangrijke bijdrage te kunnen leveren aan de inhoudelijke ontwikkeling van en de opzet van een richtlijnenprogramma voor de mondzorg. Ook verwacht hij bij de acquisitie en uitvoering van onderzoeksprojecten in de mondzorg synergie te kunnen bereiken tussen fundamenteel en toegepast onderzoek.

Van der Heijden is klinisch epidemioloog en was universitair hoofddocent in het UMC Utrecht bij de afdeling Epidemiologie van het Julius Centrum. Sinds 2010 was hij tevens hoofd onderzoek van de afdeling KNO van het UMC Utrecht. Eerder werkte hij als senior onderzoeker bij het Kenniscentrum voor Revalidatie in Hoensbroek en als universitair docent aan de Universiteit Maastricht. Van der Heijden is een bedreven onderzoeker en ontving een groot aantal subsidies voor onderzoek. Hij is een ervaren senior docent op het gebied van onderwijs in evidence based medicine en epidemiologisch onderzoek. Van der Heijden is auteur van een aantal nationale en internationale richtlijnen en standaarden en hij publiceerde onder andere in The Lancet, British Medical Journal, Annals of Internal Medicine, PLOS ONE  en Cochrane Database of Systematic Reviews. Met ruim 290 publicaties en meer dan 7500 citaties is zijn H-factor 46 (1 juni 2013).

Van der Heijden zit in de begeleidingscommissie van het onderzoeksprogramma Onderwijs Bewijs van het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap en in de opleidingsvisitatiecommissie van de Nederlandse Vereniging voor Epidemiologie. Hij is Associate Editor van BMC Journal of Medical Case Reports en is lid van verschillende richtlijnencommissies.