Gerry van Klinken richt zich de laatste jaren in zijn onderzoek op de maatschappelijke inbedding van de staat in ontwikkelingslanden als Indonesië. De lagere middenklasse in provinciesteden speelt daarin een belangrijke schakelrol. Van Klinken benadert dit vraagstuk het liefst op een comparatieve en historisch-sociologische manier. De geschiedenis van etnische politiek, corruptie, burgerschap en mensenrechten in the Global South staan dan ook centraal in recente publicaties.

Voor  zijn onderwijs en onderzoek aan de UvA bekijkt Van Klinken de sociale gevolgen van mondiale mobiliteit - mensen, goederen en ideeën. Hij doet dit met de Moving Matters-onderzoeksgroep van de FMG. Van Klinken geeft mede leiding aan twee nieuwe onderzoeksprogramma's - één over burgerschap in democratiserend Indonesië, en één (een programma binnen digital humanities) over elitenetwerken tijdens regimeveranderingen in Indonesië. Binnen beide programma's zijn promovendi van de UvA werkzaam. Ze worden gecoördineerd vanuit het Koninklijk Instituut voor Taal- Land- en Volkenkunde (KILTV).

Van Klinken is sinds 2003 als onderzoeker verbonden aan het KILTV. Hij was tot 2012 programmacoördinator van het onderzoeksproject In Search of Middle Indonesia, een project gefinancierd vanuit het Scientific Programme Indonesia - Netherlands (SPIN) van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW). Voor die tijd was Van Klinken onder meer verbonden aan het Australian Consortium for In-Country Indonesian Studies (Jogjakarta, Indonesië), Griffith University (Australië) en University of Sydney (Australië). In een nog verder verleden was hij natuurkundedocent aan verschillende universiteiten in Indonesië en Maleisië.