Jouke Annema is als longarts gespecialiseerd in endo-echoscopische technieken waarbij met geluidsgolven lymfeklieren en tumoren in de borstkas worden onderzocht. Hij initieerde en coördineerde diverse internationale studies naar hoe deze innovatieve technieken kunnen leiden tot betere diagnostiek voor diverse longaandoeningen.

Annema toonde aan dat de lokale uitbreiding van longkanker beter, veiliger, minder belastend en kosteneffectiever vastgesteld kan worden met endo-echoscopie-onderzoek dan met de traditionele kijkoperatie. Richtlijnen zijn hierop aangepast waardoor onder andere het aantal onnodige longoperaties gehalveerd wordt. Daarnaast stelde Annema vast dat de chronische ziekte sarcoïdose beter bevestigd kan worden met endo-echografie dan met een conventioneel bronchoscopie-onderzoek.

Sinds vele jaren geeft Annema cursussen in binnen- en buitenland om artsen op te leiden in deze nieuwe technieken. Van ZonMW ontving hij subsidie voor nationaal implementatie-onderzoek. Ook ontwikkelde hij instrumenten om de competentie van endoscopische vaardigheden te meten en is hij intensief betrokken bij de ontwikkeling van simulatortrainingen. Vanuit een endoscopieperspectief zal Annema zich in het AMC toeleggen op nieuwe diagnostische- en behandelmethoden voor diverse longziekten. Naast de endo-echografie zal hij zich specifiek richten op de behandeling van patiënten met ernstig astma (thermoplastie) en COPD/longemfyseem (endoscopische longvolume reductie).

Annema is sinds april 2012 werkzaam als longarts en hoofd Pulmonale Endoscopie aan het AMC. Voor die tijd was hij verbonden aan het Leids Universitair Medisch Centrum. Annema is voorzitter van de Werkgroep Endoscopie van de Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose (NVALT) en secretaris van de werkgroep Interventional Pulmonology van het European Respiratory Society (ERS). Hij heeft diverse publicaties op zijn naam staan in vakbladen als JAMA, Lancet Oncology, Journal of Clinical Oncology, European Respiratory Journal, Journal of Thoracic Oncology en Endoscopy.