Frank de Jong doet onderzoek naar de werking van financiële markten, de prijsvorming van vermogenstitels en het gebruik van financiële instrumenten voor risicobeheer. Ook is hij actief binnen Netspar, een netwerk voor onderzoek op het gebied van pensioenen en vergrijzing.

De Jong is sinds 2005 als hoogleraar Financial Markets and Risk Management verbonden aan de Universiteit van Tilburg (TiU). Voor die tijd was hij verbonden aan de UvA, in de jaren 2001 tot 2007 als hoogleraar Financiering en verzekeringen. Daarnaast trad hij op als gastonderzoeker aan onder meer Princeton University en het Institute for Financial Research in Stockholm. In 2013 ontving hij een Wim Duisenberg Research Fellowship. Deze beurs wordt door de Europese Centrale Bank (ECB) toegekend aan economen die onderzoek uitvoeren naar door de ECB relevant bevonden onderwerpen.

De Jong is mede-auteur van het boek The Microstructure of Financial Markets, dat werd uitgegeven door Cambridge University Press. Ook verschenen artikelen van zijn hand in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften als Journal of Finance, Journal of Financial Economics en Journal of Financial and Quantitative Analysis. Daarnaast publiceerde hij onder meer in het Nederlandse vaktijdschrift Economisch Statistische Berichten. De Jong is tevens werkzaam als redacteur voor De Economist.