Peter de Ruiter doet onderzoek naar de samenstelling en ecologische stabiliteit van bodembiologische levensgemeenschappen, en de relatie tussen bodemleven, bodemprocessen en omgevingskwaliteit. Bodems zijn interessant onderzoeksmateriaal, omdat ze bijzonder rijk zijn aan biologische soorten als bacteriën, schimmels, insecten en wormen. Deze soorten zijn verantwoordelijk voor de afbraak van bodemorganische stof, die een belangrijke schakel vormt in de mondiale kringloop van energie, koolstof en nutriënten. Vanuit dit perspectief richt De Ruiter zijn onderzoek op het optreden van zogenoemde kantelpunten (‘tipping points’) en de hieraan gerelateerde ‘catastrofale’ overgangen in bodemkwaliteit en vegetatie tijdens processen van bodemdegradatie en woestijnvorming. Het voorkomen van dergelijke overgangen kan van grote betekenis zijn voor het behoud van voedselzekerheid in semi-aride gebieden waar het risico op woestijnvorming relatief groot is.

De Ruiter is sinds 2008 hoogleraar aan Wageningen University. Eerder werkte hij als wetenschappelijk manager bij het Soil Sciences Centre van Wageningen University en als hoogleraar aan de Universiteit Utrecht. De Ruiter publiceerde onder meer in de toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften Science en Nature. Hij is co-auteur van de boeken Energetic Food Webs (2012, Oxford University Press) en Dynamic Food Webs (2005, Academic Press). De Ruiter was actief in verschillende besturen en adviesraden, zo was hij voorzitter van de wetenschappelijke adviesraad van het Instituut voor Biodiversiteit en Ecosysteem Dynamica van de UvA.