Jan Bouwens richt zijn onderzoek op de vraag hoe accounting samenwerking tussen bedrijfseenheden raakt. Zo bekijkt hij of het gebruik van winstcijfers op het niveau van een bedrijfseenheid de managers ervan weerhoudt rekening te houden met de belangen van collega-managers die andere bedrijfseenheden leiden. Ook bekijkt hij of accountingmaatstaven als winst of klanttevredenheid de manager ertoe bewegen kortermijnresultaten na te streven. Met dit onderzoek kan een begin van een antwoord op de vraag worden gegeven of prestatieafhankelijke beloning managers ertoe brengt het voortbestaan van het bedrijf in de waagschaal te stellen door overdreven nadruk te leggen op de korte termijn. De komende jaren wil Bouwens zich met zijn onderzoek toeleggen op twee hoofdlijnen: accounting en de opbouw van relaties binnen het bedrijf en de rol van kosteninformatie bij het nemen van beslissingen. Voor de opbouw van relaties wil hij kijken of het gebruik van accounting over de tijd het wederzijds vertrouwen beïnvloedt. Een onderzoek dat hij binnen een grote transportonderneming uitvoerde, laat zien dat managers beter gaan samenwerken wanneer zij elkaar regelmatig fysiek ontmoeten. Met zijn kostenonderzoek wil Bouwens zich richten op de vraag of het gebruik van meer ontwikkelde kosteninformatie de kans verkleint dat ondernemingen worden overvallen door innovaties die hun voortbestaan in gevaar brengen.

Tot 1 september 2015 was Bouwens hoogleraar Accounting aan Tilburg University. Van juli 2013 tot juli 2014 doceerde hij als gasthoogleraar Accounting in het MBA-programma van Harvard Business School. Ook is hij als research fellow verbonden aan de University of Melbourne in Australië.

Bouwens heeft gepubliceerd in een groot aantal toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften op het terrein van accounting, waaronder Journal of Accounting and Economics, Journal of Accounting Research en The Accounting Review. Hij is associate editor van Journal of Management Accounting Research and Journal of Contemporary Accounting & Economics. Ook is hij lid van de redactie van Contemporary Accounting Research en redacteur van het Nederlands accounting Journal MCA, wat hij van 2004 tot 2010 leidde. Bouwens leidt daarnaast het PhD-accountingprogramma van het interuniversitaire Limperg Instituut en hij is een van de oprichters van het Accountancylab, een nieuw onderzoeksinstituut bekostigd door de auditkantoren.

Bouwens schreef beleidsrapporten voor het ministerie van Financiën en het Nederlandse parlement aangaande het werk van de accountant en de inrichting van toezicht. Nederlandse kranten publiceren regelmatig zijn opinies. Hij is vaste columnist van De Accountant.

Hij doceert management accounting en control in (voornamelijk) graduate en executive programma’s. Tevens wordt Bouwens regelmatig door internationaal gerenommeerde universiteiten gevraagd PhD-trainingen te verzorgen. Hij gaf seminars aan onder meer de universiteiten van Cambridge, Chicago, Harvard en The London School of Economics and Political Science. Binnen de Amsterdam Business School van de UvA gaat hij leiding geven aan de post-masteropleidingen tot Registeraccountant (PMA) en Registercontroller (EMFC).