Mieke Aerts doet onderzoek naar de geschiedenis van politieke actierepertoires. Centrale vraag daarbij is hoe Nederland aan de reputatie komt van relatieve vreedzaamheid en geweldloosheid. In dat kader is Aerts vooral geïnteresseerd in de manier waarop politieke conflicten in Nederland historisch tot stand zijn gekomen of juist niet, en in de keuzes voor confronterende of juist meer accomoderende politieke stijlen. Daarbij hebben de genderaspecten van dit soort politieke processen haar bijzondere aandacht.

Aerts schreef een aantal invloedrijke programmatische artikelen over kernbegrippen binnen genderstudies en de noodzaak van een historiserende kijk op sekse. Daarnaast publiceerde ze over de geschiedenis en de politieke filosofie van het feminisme, over het historisch aandeel van vrouwen in de Nederlandse politieke cultuur en over de manier waarop politieke repertoires worden overgedragen tussen bewegingen en over nationale grenzen heen.

Aerts begon haar wetenschappelijke carrière aan de UvA, waar ze vanaf 1980 werkte als universitair docent Vrouwenstudies Sociale Wetenschappen en vanaf midden jaren negentig als universitair docent Politicologie. Vanaf 1998 was zij werkzaam als onafhankelijk onderzoeker en in 2009 keerde zij naar de UvA terug als bijzonder hoogleraar Politieke geschiedenis van Gender op de Wilhelmina Drucker leerstoel.