Bernard van Praag volgde een studie econometrie aan de UvA, die hij in 1964 cum laude afrondde. In 1964 werd hij wetenschappelijk medewerker aan het Econometrisch Instituut van de Nederlandsche Economische Hogeschool te Rotterdam. In 1968 promoveerde hij cum laude aan de Universiteit van Amsterdam. Na een jaar docent Econometrie te zijn geweest aan de Vrije Universiteit van Brussel, werd Van Praag in 1970 lector Economie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam. In 1972 volgde een benoeming tot hoogleraar Economie aan de Universiteit Leiden. In 1984 werd Van Praag hoogleraar Wiskundige Economie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam. In 1992 volgde een benoeming tot hoogleraar Toegepaste economie aan de Universiteit van Amsterdam met gelijktijdige benoeming tot directeur van de SEO. Een aantal prominente hoogleraren in de economie mag Van Praag tot zijn promovendi rekenen. Sinds 1987 is Van Praag verbonden aan het Tinbergen Instituut. Hij was mede-oprichter en eerste directeur van het instituut en thans 'fellow'.

Van 1988 tot 1993 was hij lid van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid. Van Praag was verder lid van een aantal commissies zoals de SER en de Commissie Dekker betreffende de structuur van de gezondheidszorg.