Weglarz-Tomczak, E., Mondeel, T. D. G. A., Piebes, D. G. E., & Westerhoff, H. V. (2021). Simultaneous integration of gene expression and nutrient availability for studying the metabolism of hepatocellular carcinoma cell lines. BIOMOLECULES, 11(4), [490]. https://doi.org/10.3390/biom11040490[details]
Kolodkin, A. N., Sharma, R. P., Colangelo, A. M., Ignatenko, A., Martorana, F., Jennen, D., Briedé, J. J., Brady, N., Barberis, M., Mondeel, T. D. G. A., Papa, M., Kumar, V., Peters, B., Skupin, A., Alberghina, L., Balling, R., & Westerhoff, H. V. (2020). ROS networks: Designs, aging, Parkinson's disease and precision therapies. Npj Systems Biology and Applications, 6, [34]. https://doi.org/10.1038/s41540-020-00150-w[details]
Mondeel, T. D. G. A., Ivanov, O., Westerhoff, H. V., Liebermeister, W., & Barberis, M. (2020). Clb3-centered regulations are recurrent across distinct parameter regions in minimal autonomous cell cycle oscillator designs. Npj Systems Biology and Applications, 6, [8]. https://doi.org/10.1038/s41540-020-0125-0[details]
Barberis, M., & Mondeel, D. G. A. (2019). ChIP-exo analysis highlights Fkh1 and Fkh2 transcription factors as hubs that integrate multi-scale networks in budding yeast. Nucleic Acids Research.
2018
Barberis, M., & Mondeel, D. G. A. (2018). GEMMER: GEnome-wide tool for Multi-scale Modeling data Extraction and Representation for Saccharomyces cerevisiae. Bioinformatics.
2017
Abudukelimu, A., Mondeel, T. D. G. A., Barberis, M., & Westerhoff, H. V. (2017). Learning to read and write in evolution: from static pseudoenzymes and pseudosignalers to dynamic gear shifters. Biochemical Society Transactions, 45(3), 635-652. https://doi.org/10.1042/BST20160281[details]
2015
Westerhoff, H. V., Nakayama, S., Mondeel, T. D. G. A., & Barberis, M. (2015). Systems Pharmacology: An opinion on how to turn the impossible into grand challenges. Drug Discovery Today. Technologies, 15, 23-31. https://doi.org/10.1016/j.ddtec.2015.06.006[details]
2022
Mondeel, T. D. G. A. (2022). Waves, ChIPs, GEMMs, gears, markers and maps: Computational systems biology from cell cycle oscillations to metabolic fluxes. [details]
De UvA maakt gebruik van cookies en daarmee vergelijkbare technieken voor het functioneren, meten en optimaliseren van de website. Ook worden er cookies geplaatst om bijv. YouTube filmpjes te kunnen tonen en voor marketingdoeleinden. Deze laatste categorie betreffen de tracking cookies. Uw internetgedrag kan worden gevolgd door middel van deze tracking cookies. Door op “Accepteer alle cookies” te klikken gaat u hiermee akkoord. Lees ook het UvA Privacy statement
Noodzakelijk
Cookies noodzakelijk voor het basisfunctioneren van de website. Deze cookies worden bijvoorbeeld ingezet om het inloggen voor studenten en medewerkers mogelijk te maken.
Noodzakelijk & Optimalisatie
Cookies die worden geplaatst om anoniem gegevens te verzamelen over het gebruik van de website om deze te verbeteren.
Noodzakelijk & Optimalisatie & Marketing
Cookies die in staat stellen bezoekers te volgen en van gepersonaliseerde advertenties te voorzien. Externe advertentienetwerken verzamelen individuele gegevens over internetgedrag. Selecteer deze categorie om YouTube video's te kunnen kijken.