Henkjan Honing doet onderzoek naar de rol van perceptie, aandacht, verwachting en geheugen in het luisteren naar muziek. Hij bestudeert de cognitieve mechanismes die ten grondslag liggen aan muzikaliteit. In zijn onderzoek gebruikt hij zowel theoretische, empirische als computationele methoden.

In 2009 liet Honings onderzoeksgroep, in samenwerking met Hongaarse collega's, zien dat pasgeboren baby's de ‘beat' kunnen horen in muziek, een onderzoeksresultaat dat de visie ondersteunt dat beat-inductie (of maatgevoel) een aangeboren en muziekspecifieke vaardigheid is. Daarnaast zou maatgevoel een belangrijke rol gespeeld kunnen hebben in het ontstaan van muziek. De komende jaren wil Honing zijn onderzoek op drie deelgebieden verder uitbouwen. Ten eerste, onderzoek naar de mechanismes die ten grondslag liggen aan muzikaliteit, zoals maatgevoel en relatief gehoor. Hiertoe doet hij momenteel onderzoek in samenwerking met Mexicaanse collega’s om te zien in hoeverre wij deze eigenschap delen met andere primaten. Ten tweede, het verder ontwikkelen en evalueren van de in de afgelopen jaren ontwikkelde methodologie van computationeel modelleren, met name de rol die verrassing speelt in dit type modellen. En ten derde, het verder exploreren van de rol die internet kan spelen bij het bestuderen van het luisteren naar muziek. De KNAW en NWO honoreerden recentelijk twee onderzoeksaanvragen van Honing op dit vakgebied.

Honing promoveerde in 1991 aan de City University (Londen) op een onderzoek naar de representatie van tijd en temporele structuur in muziek. Van 1992 tot 1997 was hij als KNAW-Akademieonderzoeker verbonden aan het Institute for Logic, Language and Computation (ILLC) van de UvA, waar hij onderzoek deed naar de formalisatie van muzikale kennis. Tot 2003 werkte hij als onderzoekscoördinator aan het Nijmeegs Instituut voor Cognitie en Informatie (NICI) op het gebied van het computationeel modelleren van muziekcognitie. In 2007 werd hij benoemd tot universitair hoofddocent Muziekcognitie bij de capaciteitsgroep muziekwetenschap van de UvA. Sinds 2010 bezet hij tevens de Hendrik Mullerleerstoel aan de Faculteit der Geesteswetenschappen van de UvA. Deze leerstoel is ingesteld vanwege Stichting Akademieleerstoelen Geesteswetenschappen van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW).

Honing heeft ruim honderdvijftig internationale publicaties op zijn naam staan op het gebied van muziekcognitie en muziektechnologie. In 2009 verscheen zijn publieksboek Iedereen is muzikaal. Wat we weten over het luisteren naar muziek (Nieuw Amsterdam, 2009); vorig jaar verscheen de Engelse vertaling getiteld Musical Cognition: A Science of Listening.