Willy Spaan is sinds 1 mei 2021 lid van de Raad van Toezicht van de Universiteit van Amsterdam. Hij is door de Minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap benoemd tot 1 mei 2025. Spaan is voorzitter van de Auditcommissie en lid van de Commissie Onderwijs en Onderzoek van de Raad van Toezicht.