De onderzoeksevaluaties binnen Nederlandse universiteiten worden sinds 2003 uitgevoerd aan de hand van een landelijk protocol, het Standard Evaluation Protocol (SEP).
In dit protocol zijn de afspraken vastgelegd die de universiteiten met de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW) en de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) hebben gemaakt over de beoordeling van publiek gefinancierd onderzoek in Nederland.
In het SEP is onder meer vastgelegd dat het onderzoek, doorgaans op het niveau van een onderzoekinstituut, iedere zes jaar wordt gevisiteerd door externe en onafhankelijke deskundigen.
In 2013 is het SEP 2009-2015 geëvalueerd en door de VSNU, NWO en KNAW geheel herzien om het stelsel beter te laten aansluiten op de eisen die wetenschap en maatschappij nu stellen. Met ingang van 1 januari 2015 is het SEP 2015-2021 in werking getreden.
De belangrijkste wijzigingen ten opzichte van het vorige SEP zijn:
De door de Commissie tot Erkenning van Onderzoeksscholen (ECOS) erkende landelijke onderzoekscholen verzorgen sinds jaren kwalitatief hoogwaardige en gewaardeerde promotieopleidingen ten behoeve van de in de onderzoekschool samenwerkende onderzoekseenheden. Nu de promotieopleidingen systematisch in het SEP zijn opgenomen, wordt de kwaliteitsborging van de onderzoekscholen, die werd uitgevoerd door de ECOS, overgenomen door de SEP-visitatiecommissies. Hiertoe is een Handreiking kwaliteitsbeoordeling onderzoeksholen opgesteld. Bestaande erkenningen blijven van kracht tot en met de eerstvolgende SEP-visitatie waar de onderzoekschool in wordt beoordeeld.
In de afgelopen periode is er gewerkt aan aanpassing van het SEP op het punt van diversiteit. Onder het begrip diversiteit vallen onderwerpen als gender, leeftijdsopbouw en sociaal-culturele en etnische achtergrond. Diversiteit krijgt in het SEP dezelfde status als de onderwerpen wetenschappelijke integriteit en de promotietrajecten: de onderzoekseenheid dient hierover een passage op te nemen in de zelfevaluatie, gebaseerd op een aantal vragen uit het SEP. In het visitatierapport reflecteert de evaluatiecommissie kwalitatief op deze onderwerpen, maar er vindt geen cijfermatige beoordeling plaats.
De rapporten waarin de uitkomsten van de visitaties worden vastgelegd, zijn openbaar. Via onderstaande verwijzingen zijn de visitatierapporten te downloaden van de evaluaties sinds de invoering van het SEP, waarin UvA-onderzoek is beoordeeld.