SimPhospho: gebruiksvriendelijke tool ter verbetering van fosfopeptide-analyse
22 april 2018
Een team van chemici, waaronder Garry Corthals van het Van 't Hoff Institute for Molecular Sciences en Veronika Suni van het Center for Biotechnology van de University of Turku (Finland) ontwikkelden SimPhospho, een snelle en gebruiksvriendelijke open source tool voor nauwkeurige simulatie van fosfopeptide tandem massaspectra.
Het biochemische proces van eiwitfosforylatie speelt een cruciale rol in de regulatie van vele cellulaire processen. Aangezien de exacte moleculaire plaats van de fosforylering bepalend is voor de specifieke activiteit, is het van groot belang fosforyleringslocaties nauwkeurig vast te stellen.
SimPhospho benut gesimuleerde bibliotheken van fosfopeptidespectra ter verbetering van de analyse van gefosforyleerde eiwitten. Het programma kan eenvoudig worden gebruikt in combinatie met de Trans-Proteomic Pipeline en is te integreren in een workflow voor gegevensanalyse.