Bonn is sinds januari 2012 lid van het directieteam van het instituut, waar hij de WZI-divisie vertegenwoordigt.

Als IoP-directeur volgt Bonn Kareljan Schoutens op, die op dezelfde dag als nieuwe decaan van de Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica is begonnen. Schoutens was de eerste directeur van het instituut, dat in 2011 is gevormd uit de samenvoeging van het Van der Waals-Zeeman Instituut (WZI), het Instituut voor Theoretische Fysica Amsterdam (ITFA) en het Instituut voor Hoge Energie Fysica (IHEF).

De rol van Schoutens als hoofd van de ITFA-divisie van het IoP is overgenomen door Jan de Boer. Samen met Stan Bentvelsen, hoofd van de IHEF-divisie, vormen zij nu gedrieën het directieteam van het Institute of Physics.