Bij al die vakken tracht hij studenten niet alleen inzicht bij te brengen in het geldend recht, maar ook na te laten denken over de achtergrond daarvan.

Zijn onderzoek heeft meestentijds betrekking op de grondrechten. Daarbinnen neemt de vrijheid van meningsuiting een geprivilegieerde positie in (bijvoorbeeld ‘Over de grens van de vrijheid  van meningsuiting’-  Nijmegen 2015).

Daarnaast houdt hij zich onder meer bezig met de vrijheid van godsdienst (bijvoorbeeld ‘State and Religion, a Multidimensional Relationship; Some Comparative Law Remarks’- International Journal of Constitutional Law 2012, p. 153v.) en met de controle op de AIVD (‘De AIVD in de democratische rechtsstaat’ - Tijdschrift voor Constitutioneel Recht 2016, p. 78v.).

Aernout Nieuwenhuis geeft antwoord op de vraag: Hoeveel macht heeft de koning?